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規劃及設計
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自1980年深圳經濟特區設立以來，深圳站一直是本地最主要的鐵路客運站。但隨着列車班次不斷增多，原有車站空間已不敷使用，又因其位於市中心和邊境而無法擴建，因此1990年代末即提出了建設深圳市第二鐵路客運站的設想。在第二客運站建成之前，深圳站的許多長途列車改由深圳西站始發。
2003年11月，深圳市政府完成了《深圳市鐵路第二客運站交通規劃》，建議京廣客運專線與廣深港高速鐵路在廣深段共線，形成京廣深港客運專線，並將其與廈深鐵路的銜接點新深圳站選址於深圳市龍華二線擴展區內，在城市規劃中預留了較好的建設條件。2005年深圳市與鐵道部分別完成了《國家鐵路深圳地區布局規劃》和《深圳鐵路樞紐總圖規劃》，就新深圳站選址、廣深港客運專線在深圳境內線位方案達成一致。
2005年7至10月，深圳市政府與鐵道部聯合開展了「國家鐵路深圳新客站綜合規劃國際諮詢」，邀請了國外4家設計公司與3家國內鐵道勘察設計院，組成4個設計聯合體，提出深圳北站綜合樞紐規劃的初步方案。2006年8月，雙方聯合簽署了《鐵道部、深圳市人民政府關於廣深港客運專線深圳境內設站事宜備忘錄》。2007年6月深圳市在鐵道部站房招標的基礎上開展了北站樞紐工程可行性研究，同年11月鐵路部門完成了鐵路北站站房初步設計。由於深圳市與鐵道部在鐵路站房與城市交通的關係上有着不同意見，前期的協調工作花費了大量精力。最終方案於2008年方完全確定[10]。
更名
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深圳北站在規劃和設計階段，曾經使用多個名稱，如新深圳站、深圳新客站、龍華火車站等[11]。2008年12月23日，深圳市規劃局發布公告，新深圳站正式命名為「深圳北站」。而位於廣深鐵路上，原稱深圳北站的貨運、編組站，則恢復初名筍崗站。
地鐵車站開通
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4號綫二期於2011年6月16日開通營運。由於此時5號綫尚未開通，故2011年6月16日至6月21日期間，深圳北站的4號線月台部分依舊保持封閉狀態。4號綫大部分列車會以不停站的方式通過深圳北站，少數4號線列車雖然會在深圳北站停車，但並不會打開車門讓乘客上下車。6月22日5號綫開通後，地鐵深圳北站方正式啟用。在高鐵開通前長達半年的時間裏，深圳北站只有地鐵轉乘和巴士接駁功能，車站的主體部分——高鐵車站則一直在施工，並未啟用。
高鐵車站開通
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高鐵深圳北站曾多次延遲開通時間，由2010年11月廣州亞運舉辦前更改至同年12月28日，再更改為2011年8月8日通車，最後延遲至2011年12月26日。受7·23溫州動車追撞事故的影響，加上中國開始反思高鐵建設，高速鐵路降速等問題，使深圳沒有趕上好時機，也使通車時間一再推遲。但是廣深港高速鐵路的運行試驗一直在低調地進行，長達半年之久。2011年12月26日上午，廣深港高鐵廣深段開通暨深圳北站啟用儀式舉行，鐵道部部長盛光祖、廣東省委書記汪洋、廣東省原省長黃華華及代省長朱小丹等人出席儀式。上午10時40分，首發列車G6126次緩緩駛出深圳北站，並於28分鐘後直達廣州南站，標誌着廣深港高鐵廣深段正式投入營運[12]。
開通初期，深圳北站只有前往廣州南站的班次。乘客若要前往武廣高鐵各站，需要同時購買兩張車票並在廣州南站出站轉乘。2012年4月1日起，廣深港高鐵與武廣高鐵雙向直通，廣深港高鐵實行新運行圖，深圳北站增加了20對前往武漢站和長沙南站的班次，取消了原先用於在廣州南站不出站轉乘的中轉轉乘卡。任何需要在廣州南站轉乘的乘客，均可憑紙質車票直接從月台層上樓，返回候車大堂，無須出站。